哈尔滨市第六医院（哈尔滨市传染病院）性病艾滋病门诊是黑龙江省卫健委指定收治性传播疾病及艾滋病的专科门诊，承担着黑龙江省及哈尔滨市性病及艾滋病诊疗、预防、科研等工作。门诊有临床经验丰富的专家出诊，诊治包括梅毒、尖锐湿疣、淋病、生殖道沙眼衣原体感染、生殖器疱疹等性传播疾病。科室设有二氧化碳激光仪、光谱治疗仪、光动力治疗仪等医疗设备，治疗性病及其合并男女生殖器感染性疾病。

  在艾滋病诊疗方面，承担着黑龙江省内大部分艾滋病感染者及艾滋病病人的治疗、随访、发放抗病毒药物、监测治疗效果及耐药工作。承担着国家中医中药免费治疗艾滋病的科研工作。有专家团队为艾滋病感染者及艾滋病病人提供合理化治疗方案、机会性感染的治疗、药物毒副作用的处理、治疗方案的更换、重症监护、母婴阻断治疗等及定期随访工作。